在百子成功挺过地表入侵、山地基因危机、阿里智力危机、树冠辐射危机五年后，小奥赫达带领的天空人和地表人重返地面。重建家园时，意外发现美国国防战前建立的潜艇智能基地因备用电源终止而浮出水面。经过探索，发现基地内没有幸存者。修复完供电设备后，天空侠进入了潜艇基地的控制系统。原来这是冷战时期开发的太空战基地，为了安全保密，建在海底。潜艇基地可以连接正在运行的军事卫星，意外发现美国秘密接触了宇宙神族文明。神族文明的外交舰队百年前出发，现在已经进入银河系边缘。神族文明发现地球文明不复存在。与此同时，ari在空间站备份的系统误判了神族文明的目的，希望他们能帮助人类重建家园。然而神族文明已经开始殖民地球了。外交舰队的使命是消灭地球上残存的文明，建立新秩序。天空人和地表人会怎么用？...